Flottiljen använde Östergötlands vapen som flottiljemblem på flygplan J 28 och J 29

2:a divisionen hade en gul nosande hund på sina flygplan. På vissa märken hade hunden en kamera runt halsen.

3:e divisionen hade en svart örn som bär en vit rapport hylsa med gula band.

Under beredskapstiden hade 5:e divisionen en spejande indian på flygplanen.

De S 14 som 1944- 1945 var stationerade i fjällen hade "Lappgubben" som divisionsmärke.

1950 började 3.e divisionen använda ett Gult C runt en staty av Folke Filbyter och 1951 gjorde 1:a och 2:a divisionen detsamma fast i röd och blå färg.

Målflygdivisionens divisionsmärke började användas på 29-tiden och följde sedan divisionen under 32-tiden fram till avvecklingen 1/7 1997.

Transportdivisionen, som kom till Malmen 1973, hade ett divisionsmärke som följde divisionen under Caravelletiden.